巴基斯坦所在地区，宗教信仰的起源可以追溯到遥远的古代，至印度河流域文明时期，除自然崇拜外，已经出现了男女神抵和祭司，此后，吠陀教和与其一脉相承的婆罗门教、印度教，以及耆那教、佛教都曾广泛传播。

自公元8世纪起，伊斯兰教逐渐取得统治地位。15世纪，基督教自西方大规模传入，锡克教则在旁遮普兴起，产生了很大的影响，此外，在漫长的岁月里，袄教和西亚、中亚各民族早期的信仰也对这里的居民产生了不可忽视的影响。巴基斯坦独立后，以伊斯兰教为国教和立国之本，宪法规定，巴基斯坦是伊斯兰共和国，只有穆斯林才能担任国家最高职务，国家必须采取措施，保证穆斯林按伊斯兰教义安排生活。巴基斯坦穆斯林占总人口的97%，到处都可感受到强烈浓厚的伊斯兰教气氛，看到清真寺的尖塔和圆顶，听到“安拉至大’，的呼礼声，尤其是拂晓时分，高亢的呼字声通过广播喇叭，冲破黎明的宁静，在清新的空气中飘荡，给人以神秘的感觉，一到礼拜时间，大大小小的清真寺里，碧绿如茵的草坪上，机关、学校的走廊里，机场的候机室，直至田间路旁、高山悬崖，都有人面向西方，磕头礼拜。在公共场所，镌有“安拉”、“穆罕默德”字样的工艺品，麦加圣寺和天房的照片，到处可见，古老的宗教，利用报刊、广播、电视等现代化传播媒介，最大限度地发挥着影响。在巴基斯坦，信仰其他宗教的非穆斯林，一律被称为“少数(派)”，宪法规定，他们的合法权益得到保护，并在国民议会和省议会中享有代表权，在1997年的国民议会217席中，基督教徒占4席，印度教徒占4席，锡克教徒、佛教徒、袄教徒合占I席，阿赫默底亚教派占1席。

在2002年11月产生的新国民议会中，他们的席位数没有变化。将伊斯兰教传人印巴次大陆的是阿拉伯商人，早在公元前数世纪，阿拉伯人就利用印度洋季风和洋流的周期性变化，往来于阿拉伯半岛、东非和印度之间，继而又开辟了通往东南亚和中国的航线，为了转输货物，他们在次大陆沿海建立了许多商业点，伊斯兰教兴起后，阿拉伯人实现了内部统一，商业活动更趋繁荣，一些商人陆续在这里定居，并同当地妇女通婚，伊斯兰教也随之传入。随着阿拉伯人占领信德及突厥人占领旁遮普，伊斯兰教开始大规模传人，大批外族穆斯林，特别是军队的将领和士兵，在此定居下来，并同当地人通婚，他们的营地发展成为商业和文化中心，由于政治和经济的原因，许多当地居民自愿地或被迫地改信伊斯兰教，至德里苏丹国统治时期，大部分居民都已改信伊斯兰教。在伊斯兰教的传播过程中，被称为“乌拉玛”的神学家和苏菲派传教士起了重要作用，乌拉玛主要在城市里传教，苏菲派传教士则深入穷乡僻壤，在下层人民中进行孜孜不倦的工作。特别是13-16世纪，中亚和阿拉伯的苏菲派教团，如契斯提教团、苏哈拉瓦迪耶教团、卡迪里教团、纳格什班迪耶教团等先后传人，在各地建立道堂。苏菲派传教士生活简朴，信仰虔诚，注重内心的苦修，他们还注意学习方言，应用民间诗歌表达和传播教义，在他们的道堂里，长老和门徒相聚而居，共同礼拜、修行，这对处于印度教种姓制度侄桔下的下层人民具有很大的吸引力，他们逐渐改宗伊斯兰教，使穆斯林人数大为增加。有的传教士努力融合印度教教义和礼仪习俗，宣传印度教与伊斯兰教的一致性，吸引了印度教商业种姓。

苏菲派传教士在巴基斯坦穆斯林中影响十分广泛，许多苏菲派传教士被奉为圣人，其陵墓成为信众朝渴的圣地，至今香火不绝。经过几个世纪的入侵、对抗、渗透与融合，巴基斯坦所在地区基本实现了伊斯兰化，与此同时，伊斯兰教也逐渐本土化，吸收了当地的文化，丰富了自己，形成了独特的印度穆斯林文化。